Западно-украинские земли до воссоединения Украины с Россией в 1654 г., входили в состав Речи Посполитой. В конце XVII века, обострились противоречия внутри православной церкви, которые вылились в раскол и принятие Брестской унии в 1598 г. с папским престолом. Уния, поддерживаемая польским королем Сигизмундом III, повела серьезное наступление на православие и захватила множество храмов и монастырей.
Серьезное противостояние распространению унии оказали православные братства, которые сконцентрировали внимание на укреплении системы образования. Начали открываться братские православные школы при монастырях. При этом, в качестве системы образования, принималась западная система, так как она была более прогрессивной, нежели в традиционном православии того времени.
15 Октября 1615 г. в новое помещение на Подоле в Киеве переехала братская школа Киевского Богоявленского братства, которая выросла из кружка, созданного архимандритом Елисеем Плетенецким. Эта школа стала в основании будущей Киево-Могилянской коллегии и академии.
В 1620 г., после установления катакомбной иерархии в православной церкви, за основу был принят устав Львовской братской школы. Из Львова и Луцка были приглашены лучшие учителя.
В 1631 г., архимандрит Киево-Печерской Лавры, Петр Могила, основал подобную школу при Лавре, которая в следующем году была присоединена к братской школе Богоявленского братства на Подоле. Созданное Петром Могилой учебное заведение стали называть Киево-Братской коллегией. В этот период коллегию содержало казачье войско под командованием гетмана Сагайдачного и личные владения Петра Могилы. В 1634 г. Петр Могила становится Киевским митрополитом и продолжает покровительствовать своему детищу. Несмотря на благосклонность польского короля Владислава IV, митрополиту не удалось добиться официального признания академии, хотя де-факто коллегия давно стала академией. В декабре 1650 г. митрополит скончался и оставил в наследство свою библиотеку и земельные владения.
Статус академии был закреплен за коллегией в 1658 г. во время заключения трактата между Гетманщиной и Польшей. В 1694 и 1701 г.г. академический статус был подтвержден русскими царями Иваном V и Петром I.
В 1742 г. в стенах академии обучалось 1234 человека на полном довольствии. Был значительно расширен круг изучаемых предметов, в том числе риторика по методике М. Ломоносова и теология по Ф. Прокоповичу. Но с открытием университетов в Москве (1755 г.) и Харькове (1805 г.), значение Киево-Могилянской академии значительно упал. В августе 1817 г. академию закрыли.
В течение двух лет стены академии пустовали, пока академия не была перепрофилирована в сугубо духовное учебное заведение. Сначала это была семинария, а со временем получила статус духовной академии. После 1917 г. духовную академию закрыли, было организовано военно-морское политическое училище, которое готовило комиссаров для Красной Армии.
С распадом СССР и обретением независимости Украины, возникла потребность в возрождении Киево-Могилянской академии в качестве высшего учебного заведения Украины. Официальное открытие академии состоялось в 1992 г., как преемницы Киево-Могилянской академии прошлого. Началось возрождение традиций третьего из старейших вузов Украины, после Острожской Академии и Львовского Национального Университета. Были открыты шесть основных факультетов: гуманитарных наук, экономических наук, информатики, естественных наук, правоведения и социальных наук и технологий. К началу 2000-х г.г. Киево-Могилянская Академия заняла прочную позицию среди трех лучших вузов Украины.