Несмотря на упадок государства в Пруссии, орден сохранил своё влияние в Германии. В период наполеоновских войн Великий Магистр перебрался в Вену, Австрийский император восстановил некоторую самостоятельность ордена, который стал называться Немецкий рыцарский орден. Постепенно орден превратился в религиозно-лечебную организацию, вернулся к средневековым задачам: деятельность в госпиталях, приютах и школах. После Первой мировой войны деятельность братьев утратила рыцарский характер, но возвращено древнее название их организации, которое по сей день звучит так: Братья и сестры Немецкого ордена Пресвятой Девы Марии в Иерусалиме. Рыцари Тевтонского ордена преследовались гитлеровцами, а после Второй мировой войны — и коммунистами. Однако орден сохранился и действует как религиозная организация священников и монахинь в Австрии, Италии, Германии, Бельгии, Словении и Чехии.
