Вход Киево-Печерской лавры в новое время начался с мрачного события. В 1718 г. в лавре произошел сильный пожар, который уничтожил бесценные рукописи и манускрипты. Древние грамоты, имевшие решающее историческое значение стали пищей разбушевавшейся стихии.
После 1723 г. Лавра была подчинена Священному Синоду Российской империи всвязи с упразднением института патриаршества. А в 1729 г. последствия пожара были ликвидированы, по крайней мере, в области архитектуры. На волне масштабного восстановления Лавры была заложена и возведена Великая колокольня высотой 96,5 м. Ее первый перезвон огласил Киев в 1745 г.
В 1786 г. священно архимандритами Лавры стают киевские митрополиты. К этому времени Лавра состояла из шести монастырей – Голосеевская и Китаевская пустыни, Ближние и Дальние пещеры, Больничный монастырь и Главный монастырь при Великой церкви.
Лара была местом сосредоточения многих святынь Древней Руси – икона Успения Божьей Матери и Одигитрия, мощи равноапостольного князя Владимира Великого, первого киевского митрополита св. Михаила и св. Феодосия, первого настоятеля Лавры. В Великой церкви нашли последнее пристанище митрополит Петр Могила, основатель Киево-Могилянской Академии, а так же фельдмаршал П.А. Румянцев. В нишах Ближних и Дальних пещер покоятся останки Лаврских иноков-угодников, 80 и 45 соответственно.
Приход к власти большевиков в 1917 г. принес Лавре множество скорбей. В первой декаде февраля 1918 г. был убит настоятель Лавры, митрополит Киевский и Галицкий Владимир (Богоявленский). В 1919 г. иноки Лавры юридически были оформлены в артель, а в начале 1924 г. Лавра была подчинена патриарху Тихону напрямую. С декабря 1924 г. Лаврой завладел (обновленческий) Всеукраинский Священный Синод, который начал ее разорение.
29 сентября 1926 г. начался новый этап вытеснения иноков и уничтожения Лавры. В этот день вышло постановление правительства УССР, которое превратило обитель во Всеукраинский музейный городок. К началу 1930 г. в Лавре не осталось иноков. Часть братии расстреляли в Киеве, а часть отправили в ссылку и заключение.
Организованные на территории музеи функционировали до начала Отечественной войны. В период гитлеровской оккупации было частично восстановлено послушание, а на территории Лавры разместился полицейский участок. В его застенках погибло около 500 киевлян. С приходом оккупационных войск из Лавры было вывезено все ценное, а для сокрытия преступления, был взорван Софийский собор.
Освобожденный в ноябре 1943 г. Киев был в руинах. Казалось, что монашеская жизнь снова замрет, но власти не стали сразу разгонять иноков. До 1961 г. иноки несли свое служение.
Современное восстановление работы лавры относится к 1988 г. Перед празднованием 1000-летия Крещения Руси монахам были переданы Дальние пещеры. Первым настоятелем Лавры стал митрополит Филарет (Денисенко), который был лишен сана в 1992 г. С 1992 по 2014 г. настоятелем был митрополит Владимир (Сабодан), а наместником Лавры, с 1994 г., стал митрополит Вышгородский Павел (Лебедь).
С 1995 г. начались работы по восстановлению Софийского собора и продолжались до 24 августа 2000 г. С 1990 г. Лавра значится в списке Всемирного наследия ЮНЕСКО. На территории Лавры расположились 15 культовых сооружений, Митрополия, Духовные семинария и академия, Киевское областное училище культуры, а так же памятник Нестору Летописцу и могила Петра Столыпина.
В 2013 г. на территории Лавры прошло празднование 1025-летия Крещения Руси. На праздновании присутствовали первоиерархи православных церквей и официальные лица Украины, Росси и Беларуси.
