Поверхностные и глубинные полости в земной коре карстовых районов обусловливают и своеобразие их гидрографической сети. Атмосферные осадки поглощаются воронками и отводятся в глубину. Поверхностная речная сеть не развивается. То есть реки, которые приходят в карстовые области извне, или сразу уходят под землю, или постепенно теряют свою воду в понорах. Одни из них, пройдя некоторый путь под землей, снова появляются на поверхности, другие прекращают самостоятельное существование, распределив воду по многочисленным подземным каналам. Иногда из ряда подземных потоков образуются новые реки, выходящие на поверхность в виде мощных источников, называемых воклюзами.
Постоянные реки в открытом карсте могут существовать только тогда, когда дно их лежит ниже уровня грунтовых вод. Долины таких рек очень глубоки и имеют форму ущелья или каньона. Некоторые реки Югославии текут в ущельях глубиной до 600— 1000 м. В каньонах протекают Салгир в Крыму и Бзыбь в Абхазии.
В покрытом карсте реки и их долины не имеют таких ярко выраженных специфических черт, как в открытом. От обычных рек они отличаются тем, что нередко уходят в поноры.
Исключительно сложна система подземных вод как открытого, так и покрытого карста. В глубоком и сильно трещиноватом карсте внизу формируется горизонт взаимно связанных грунтовых вод. Выше его находится ярус сезонного колебания зеркала подземных вод: во влажный сезон он выше, в сухой ниже. Еще выше находится ярус аэрации, сквозь который атмосферные воды проходят не задерживаясь.
