Русский историк В.Н. Татищев связал дату основания Костромы со строительством ряда городов, которое предпринял князь Юрий Долгорукий после потери Киевского княжества. В 1152 г. были заложены города: Владимир на Клязьме, Ярославль, Переяславль у Клюшина, Юрьев (Дерпт) и, конечно же, Кострома. Некоторые новые города имели старые русские названия потому, что Долгорукий пытался таким образом утолить печаль по утере великого княжества в Киеве.
Данные археологов подтверждают утверждение Татищева. Раскопки исторического слоя толщиной в 2,5 м показали, что слой датируется XII веком. Первая крепость Костромы располагалась на площади около 1 га и является типичной для домонгольского периода. Расположение крепости у впадения р. Костромы в Волгу обеспечивало контроль за судоходством на Волге и прикрывало соляные источники, которые обеспечивали потребность в соли как единственным известным в то время консервантом.
Существует две версии возникновения города. Первая, название города возникло по названию реки. Вторая, название и реки и города возникло по имени языческого божества Костромы. В 1238 г. жители были угнаны в полон Батыем, а город разрушен. С 1239 г. город восстанавливает владимирский князь Ярослав Всеволодович. Он передается по наследству младшему сыну Василию в 1246 г. Кострома становится удельным княжеством вне Владимиро-Суздальской земли и переходит во владение следующими князьями вплоть до середины XIV в. В этот период Кострома обзавелась двумя крупными монастырями, которые защищали город с востока. Это Ипатьевский и Николо-Бабаевский монастыри.
Выстроенный дубовый кремль в Костроме позволял опальным князьям скрываться от татарских ханов Тохтамыша и Едигея. Первым прятался Дмитрий Донской. Вторым прятался Василий Дмитриевич. Рост населения города обеспечивался за счет смоленских, тверских и рязанских переселенцев. Город возрастал, не смотря на частые набеги ушкуйников и казанских татар. После пожара 1416 г. строится новый кремль и первое каменное здание Успенского собора.
На протяжении всего XV в. и в первой половине следующего, на Кострому совершали набеги казанцы и часто разоряли город. костромская дружина отличилась во втором походе Ивана Грозного на Казань. С набегами было покончено. Можно было строиться не оглядываясь на Казань. Строительство Костромы пережило бум благодаря деятельности боярского рода Годуновых. На территории Ипатьевского монастыря покоятся родители Бориса Годунова.
Обильную кровавую дань собрало с Костромичей Смутное Время. Это время в истории Костромы стоит особого разговора. В начале апреля 1612 г. ополчение Минина и Пожарского начало шествие на Москву через Ярославль. Смутное Время завершилось призванием на царство Михаила Романова, который жил в Ипатьевском монастыре Костромы вместе с матерью. В конце XVII в. город стал третьи после Москвы и Ярославля по производству текстиля, мыла, иконописи и среброделия.
Петровские реформы XVIII в. привели Кострому к упадку и превратили в провинциальный город. Новой истории Костромы нужно посвятить специальный рассказ.